1964 年06月，随着行政区改变，改称赣州专区档案馆。
1971 年03月，改为赣州地区革命委员会档案馆。
1978 年08月，改称赣州地区档案馆。
1980 年12月，成立赣州地区档案处，实行处、馆合署办公。
1983 年10月，撤销赣州地区档案处，保留赣州地区档案馆。
1984 年11月，恢复赣州地区档案处，仍实行处、馆合署办公。
1988 年03月，赣州地区档案处更名为赣州地区档案局，列入行署编制系列，属正县级行政管理机构，下设档案馆（正科级）、档案科技服务中心。
1999 年07月，赣州地区档案局更名为赣州市档案局。
2003 年01月，明确赣州市档案局为负责全市档案工作的市人民政府直属事业单位（正县级）。
2008 年06月，赣州市档案局与赣州市档案馆合并，实行局、馆合一的管理体制，一个机构两块牌子，仍为负责全市档案工作的市人民政府直属正处级事业单位。
2019 年01月，赣州市档案局（档案馆）的行政职能划入赣州市委办公室。市委办公室对外加挂市档案局牌子。赣州市档案馆作为市委市政府直属正处级事业单位。